故事原始，在地球的捷德奥特曼正与庞顿怪兽展开战斗，就在这时贝利亚现身将捷德抓走。
而赛罗奥特曼的帕拉吉手镯经过令人和莱姆的帮忙下已修复好。
关键时刻，赛罗奥特曼和令人融为一体穿越时空一路追赶贝利亚。
当赛罗奥特曼和他的徒弟们找到捷德奥特曼的时候已发现他的眼睛竟然跟贝利亚的眼睛拥有一模一样的颜色。
贝利亚再次进攻光之国抢走了等离子火花复活百万大军并控制捷德与他称霸全宇宙。
为了救回捷德奥特曼也为了全宇宙的和平，赛罗奥特曼带领欧布奥特曼以及众奥与贝利亚大军开战。最终救回了捷德奥特曼......
贝利亚逃跑后，朝仓陆与令人返回地球遇到了许多的强敌对手。