灭世一战，为了平息创世神阿尔宙斯的怒火，龙和希罗娜他们回到一千年以前企图改变历史从而拯救人类的命运。然而，当历史成功被改写，人类也终于逃过一劫时，龙却因为被卷入历史的车轮中而消失在了精灵宝可梦世界。
　　　　再次睁开眼时，龙回到了他原本的故乡，地球。然而，一件极其严峻的事件却在地球上演。大针蜂、大嘴雀这些本不该出现的物种竟然在地球上落户筑巢，精灵更是作为神秘外来物种侵入地球！这一切究竟是怎么回事，命运的时轮又将如何转动？ (本故事及人物纯属虚构，如有雷同，纯属巧合，切勿模仿。)